《空山灵雨》是根据禅宗五祖弘忍传授衣钵给六祖慧能的传说改编而来的。
胡金铨受《蒋平捞印》《杨乃武与小白菜》等故事中智计斗争的桥段启发，为《空山灵雨》加入了盗贼交手、间谍谋略的部分。而这个以武侠形式讲述的佛寺中的权力斗争故事，也为武侠电影注入了此前少有的禅意和玄思。
01搜寻三宝寺的宝藏
影片的主人公是富商文安，他带着小妾与管家来到深山之中的三宝寺。此番前来是应病重的主持智严之邀为传位做个见证。同样作为客人来见证的还有地方官王将军，和吃荤菜、有着众多女弟子的悟外法师。
文安和王将军都觊觎寺中的无价之宝—由玄奘法师手抄的《大乘起信论》。文安带来的小妾、管家实际上是他雇来的飞贼白狐和金锁，进寺院他们便开始探情况。而王将军带来的酷吏指挥张诚也在干着同样的事情。
白狐和金锁潜入藏经阁时，不巧碰上了智严方丈的二弟子慧文。慧文见到他们却并不惊讶，还主动为他们打开门锁并望风，原来他正是文安属意和力推的三宝寺接班人。
不同于文安，王将军支持的人选是大弟子慧通。智严禅师和悟外法师讨论下任主持人选未果，一个发配充军的犯人邱明来到三宝寺拜入智严门下。询问之下，才发现他原来是被指挥张诚陷害，然而邱明心中却已无怨恨。
悟外法师在河边给寺里的僧人说法，女弟子则在身旁戏水，慧通、慧文等僧人都还凡心未定。智严主持把《大乘起信论》展示给文安和王将军。三弟子慧思向他们指出，这张残卷的文意才是可贵之处。
02偷经书行动的失败
智严让邱明看守藏经阁，遇到入的张诚，被发现的张诚意欲痛下杀手，却被白狐等人干扰，最终被邱明摔下楼去。在第二天的庙里的聚会上，王将军替张诚倒打一耙，诬赖邱明。
虽然智严等人心知真相，但还是将邱明绑于经阁内，晚上自狐、金锁将邱明救下，王将军和张诚回过神来，也去主持那替邱明求情。智严主持让论经证道成就最高的三位弟子慧通、慧文、慧思去庙后池塘打一桶清水作为考验。慧通与师弟们共同打出清水，慧文用细纱滤出，慧思则是听其自然。
再一次聚会时，智严法师将主持之位传给了邱明，赐法号慧明，大出弟子和客人的意料。
大弟子慧通煽动众人以伙食为由进行抗议，却让邱明很快平息。慧通找到张诚想联合杀死邱明，却由于白狐报信、张诚反水，不但没能伤到邱明，还被罚去守卫藏经楼。趁着智严在海边举行涅槃仪式，双方再度争取经卷金锁和张诚在混战中身亡，文安、白狐带着经卷乘船逃跑，在想杀船家灭口时，才发现摆渡的老大爷正是智严主持。
白狐被悟外法师的女弟子擒住，文安却在慌乱中坠崖身亡。
03丰富的任务阶层与困局
在影片的最后，邱明烧了手抄卷《大乘起信论》，将一个印本赠予了王将军，白狐则在点化下削发为尼。
《空山灵雨》不同于很多有着复杂时代背景、关涉家国天下的武侠片，它的故事场景基本锁定在一所寺庙之中，讲述的只是偷盗一部经卷的小故事，伴随背后关于寺庙接班人的“小纷争”。然而故事虽小，反映的格局却颇大：文人财主、武人官员、打手、江湖飞贼、充军流犯、大庙主持，在这部电影中各色人等一应俱全。人事斗争、财务危机、权力困局—一切难题皆在其中。
影片之所以可以化繁为简、以小见大，是因为胡金铨学习了传统戏曲的方法，在每个人物身上都凝缩了某种典型特质，这样人物在相互交锋时就会带出多组关系。观众在影片结束后回想，其意蕴也回味无穷。
04缩减武打镜头，打造禅意的世界
在各方人士偷经书背后，《空山灵雨》缩减武打镜头，打造禅意世界。
与一般武侠片更加不同的是，武功与打斗在《空山灵雨》中并不占据很高的比例，在几场打戏里也没有刻意突出谁武功更高，谁能战胜谁始终不是影片
